Semasa ia menjabat sebagai sultan, Tengku Muhammad Ali melantik putera kepada saudarinya Sayyid Ali sebagai panglima besar. Sayyid Ali merupakan putera Tengku Embung dan Sayyid Usman, seorang keturunan Arab. Dia terus menemani pamannya dalam setiap keadaan, termasuk ketika Muhammad Ali kehilangan kuasa atas takhta Siak dan menetap di Senapelan. Maka apabila berlaku pertikaian antara Sayyid Ali dan Sultan Yahya, Muhammad Ali mengutamakan keponakannya. Sayyid Ali yang lebih besar pengaruhnya sebagai panglima besar kerajaan berjaya menyingkirkan Sultan Yahya yang dianggapnya kurang cakap dalam memimpin pemerintahan.[9]

Sultan Yahya yang telah kehilangan kuasa akhirnya berundur ke Kampar, kemudian Trengganu dan kemudian Dungun di Melaka. Ia wafat di Dungun pada tahun 1784. Pada tahun itu juga, Sayyid Ali mendakwa takhta kerajaan dengan gelaran Sultan Assayyidis Syarif Ali Abdul Jalil Saifuddin . Tengku Muhammad Ali masih mendampingi sultan baru, khususnya dalam mengawasi ekonomi kerajaan.[10].